إِذْ: ظرف لما مضى من الزمن متعلق بفعل محذوف تقديره اذكر
قالَ اللَّهُ: فعل ماض لفظ الجلالة فاعله والجملة في محل جر بالإضافة
يا عِيسى: يا أداة نداء وعيسى منادى مفرد علم مبني على الضمة المقدرة على الألف للتعذر
إِنِّي مُتَوَفِّيكَ: إن واسمها وخبرها والكاف في محل جر بالإضافة، والجملة مقول القول.
وَرافِعُكَ إِلَيَّ: عطف على متوفيك والجار والمجرور متعلقان برافعك
وَمُطَهِّرُكَ مِنَ الَّذِينَ كَفَرُوا: مطهرك عطف والجار والمجرور متعلقان بمطهرك وماض وفاعله وجملة كفروا صلة الموصول
وَجاعِلُ الَّذِينَ اتَّبَعُوكَ: جاعل عطف والذين اسم موصول في محل جر بالإضافة، وماض وفاعله والجملة صلة.
فَوْقَ: مفعول فيه ظرف مكان متعلق بالمفعول الثاني المحذوف
الَّذِينَ: في محل جر بالإضافة
جملة «كَفَرُوا» صلة
إِلى يَوْمِ: متعلقان باسم الفاعل جاعل
الْقِيامَةِ: مضاف إليه
ثُمَّ: حرف عطف
إِلَيَّ مَرْجِعُكُمْ: جار ومجرور متعلقان بمحذوف خبر مرجعكم مبتدأ.
فَأَحْكُمُ بَيْنَكُمْ: الفاء عاطفة وفعل مضارع فاعله مستتر وبينكم ظرف متعلق بالفعل قبله
فِيما: متعلقان بأحكم
كُنْتُمْ: فعل ماض ناقص، والتاء اسمها والجملة صلة الموصول لا محل لها
فِيهِ: متعلقان بالفعل بعدهما
تَخْتَلِفُونَ: فعل مضارع وفاعل والجملة في محل نصب خبر كنتم.