إِذْ: ظرف لما مضى من الزمن متعلق بفعل محذوف تقديره اذكر

قالَ اللَّهُ: فعل ماض لفظ الجلالة فاعله والجملة في محل جر بالإضافة

يا عِيسى: يا أداة نداء وعيسى منادى مفرد علم مبني على الضمة المقدرة على الألف للتعذر

إِنِّي مُتَوَفِّيكَ: إن واسمها وخبرها والكاف في محل جر بالإضافة، والجملة مقول القول.

وَرافِعُكَ إِلَيَّ: عطف على متوفيك والجار والمجرور متعلقان برافعك

وَمُطَهِّرُكَ مِنَ الَّذِينَ كَفَرُوا: مطهرك عطف والجار والمجرور متعلقان بمطهرك وماض وفاعله وجملة كفروا صلة الموصول

وَجاعِلُ الَّذِينَ اتَّبَعُوكَ: جاعل عطف والذين اسم موصول في محل جر بالإضافة، وماض وفاعله والجملة صلة.

فَوْقَ: مفعول فيه ظرف مكان متعلق بالمفعول الثاني المحذوف

الَّذِينَ: في محل جر بالإضافة

جملة «كَفَرُوا» صلة

إِلى يَوْمِ: متعلقان باسم الفاعل جاعل

الْقِيامَةِ: مضاف إليه

ثُمَّ: حرف عطف

إِلَيَّ مَرْجِعُكُمْ: جار ومجرور متعلقان بمحذوف خبر مرجعكم مبتدأ.

فَأَحْكُمُ بَيْنَكُمْ: الفاء عاطفة وفعل مضارع فاعله مستتر وبينكم ظرف متعلق بالفعل قبله

فِيما: متعلقان بأحكم

كُنْتُمْ: فعل ماض ناقص، والتاء اسمها والجملة صلة الموصول لا محل لها

فِيهِ: متعلقان بالفعل بعدهما

تَخْتَلِفُونَ: فعل مضارع وفاعل والجملة في محل نصب خبر كنتم.

إِنِّي مُتَوَفِّيكَ: التوفي: أخذ الشيء وافيًا تامًا، ثم استعمل بمعنى الإماتة

كما قال تعالى: (اللَّهُ يَتَوَفَّى الْأَنْفُسَ حِينَ مَوْتِها) [الزمر 39/ 42] فمعنى مُتَوَفِّيكَ قابضك.

وَرافِعُكَ إِلَيَّ: من الدنيا من غير موت، فإذا كان عيسى حيًا حين الرفع كان في الآية تقديم وتأخير

وتقديره: أني رافعك إليّ ومتوفيك، والواو لا تدل على الترتيب.

وقيل: معنى: إني متوفيك:قابضك ورافعك إلي، أي إلى كرامتي.

وَمُطَهِّرُكَ مِنَ الَّذِينَ كَفَرُوا: مبعدك، وتطهيره من الذين كفروا: براءته مما كانوا يزمونه به بتهمة أمه بالزنا.

وَجاعِلُ الَّذِينَ اتَّبَعُوكَ: صدقوا بنبوتك من المسلمين والنصارى

فَوْقَ الَّذِينَ كَفَرُوا: بك وهم اليهود، والفوقية بمعنى العلو عليهم بالحجة والسيف.

فَأَحْكُمُ بَيْنَكُمْ فِيما كُنْتُمْ فِيهِ تَخْتَلِفُونَ: يشمل المسيح والمختلفين معه والاختلاف بين أتباعه والكافرين به.